مهندسی ژنتیک گیاهی:

مهندسی ژنتیک گیاهی در رابطه با انتقال قطعه ای DNAبیگانه با کدهای حاوی اطلاعات ژنتیکی مورد نظر از یک گیاه به وسیله پلاسمید، ویروس بحث می‌کند. زمانی که هیبریداسیون جنسی غیر ممکن است مهندسی ژنتیک پتانسیل انتقال ژن عامل یک صفت مفید را از گونه‌های وحشی با خویشاوندی دور به یک گونه زراعی برای اصلاح کننده نباتات فراهم می‌سازد در استفاده از باکتریها در مهندسی ژنتیک از پلاسمیدهای باکتری Ecoli استفاده می‌شود.

گیاهان تولید شده از طریق مهندسی ژنتیک:

علم مهندسی ژنتیک تکنیکهائی را شامل می‌شود که بر اساس کار چندین دانشمند که مؤفق به کسب جایزه نوبل شده‌اند، پایه‌گذاری شده است .مهندسی ژنتیکی یک علم افسانه‌ای به نظر می‌رسد. اما امروزه در سطح وسیع در صنایع بیوتکنولوژی و آزمایشگاه های تحقیقاتی دانشگاهی انجام می گیرد. تکنیکهای مورد استفاده در این عمل به خوبی تعریف شده است. اما بسیاری از ادعاها در مورد مهندسی ژنتیک چندان درست نمی‌باشد. در این مقاله چگونگی کاربرد تکنیکهای مهندسی ژنتیک و مثالهای مربوطه توصیف شده است. پاسخ بسیاری از سؤالات پیرامون مهندسی ژنتیک در پی این دو توصیف زیر داده خواهد شد ضمناً تعریف بعضی از اصطلاحات در انتهای این مقاله آمده است .

1- مهندسی ژنتیک در گیاهان چگونه صورت می گیرد:

دانشمندان معمولاً از مهندسی ژنتیک در عالم طبیعت در انجام کارهایشان الگو برداری می کنند. مهندسی ژنتیک در عالم طبیعت در یک باکتری خاکزی تحت عنوان آگروباکتریوم تاموفاشین را به کار رفته است. این باکتری شامل یک DNA حلقوی کوچک و آزاد بنام پلاسمید می باشد از پلاسمید این باکتری غالباً برای تغییر ساختار ژنتیکی یک گیاه حساس به بیماری گال استفاده می‌شود. دانشمندان در گام اول ژنهائی را که یک خصوصیت مطلوب و یا یک صفت اتصالی را کنترل می‌کنند ،شناسائی می کنند. تا در گام بعدی این ژن مطلوب را به گیاه مورد نظر انتقال دهند. برای انجام چنین کاری در گیاهی که حاوی آن ژن مطلوب هست، ژن مربوطه را را از قطعه DNA آن گیاه با استفاده از آنزیم‌های خاصی جدا می‌کنند. این آنزیم‌ها مانند یک قیچی عمل کرده و نیز پلاسمید حاصل از باکتری آگروباکتریوم را با همان آنزیم‌ها برش می دهند و ایجاد یک قطعه DNA باز می کنند سپس این پلاسمید باز شده را در مجاورت ژن مطلوب قرار داده و با یکدیگر ادغام می کنند و با استفاده از آنزیمهای خاصی اتصالات مربوطه را بین این ژن و پلاسمید انجام می‌دهند. آنها می‌توانند پلاسمیدی را تولید کنند که حاوی این ژن مطلوب می‌باشد. چنین پلاسمیدی را DNA ی نوترکیب یا RDNA می‌نامند دانشمندان این مجموعه را (پلاسمید نو ترکیب) به داخل باکتری آگرو باکتریوم بر می‌گردانند و در نتیجه این باکتری شامل پلاسمید تغییر یافته می‌شود . مجموعه پلاسمید+ ژن مطلوب+ آگروباکتریوم به گیاه مورد نظر منتقل می‌شود.

بعضی از سلولهای این گیاه، ژن مربوطه را از پلاسمید دریافت کرده و جزء ساختار DNA خودی می‌کنند. وقتی چنین سلولهای گیاهی در محیطهای کشت رشد داده می شوند، تولید گیاهان کوچکی می‌کنند که می‌توان وجود صفت جدید مورد انتظار از ژن انتقال یافته را در آنها تست کرد.این چنین گیاهانی نامیده می‌شوند گیاهان تراریخت و باید آزمونهای بیشتری بر روی آنها صورت گیرد.

تجزيه دي آلل

تجزيه دي آلل

تعريف: اگرچه دي آلل در ظاهر به معني دو آللي است، در اصطلاح به تمامي تركيبات ممكنه بين n  لاين تلاقي دي‎الل گفته مي‎شود. چنين تجزيه‎اي علاوه بر برآورد تركيب‎پذيري عمومي و خصوصي لاينها، اطلاعات با ارزشي در مورد پارامترهاي ژنتيكي بدست مي‎دهد (اميري ، 1373  و Singh And  Chaudhary . 1997  ).

1ـ تركيب پذيري :

منظور از قدرت تركيب‎پذيري عمومي GCA= General Combining Ability وضعيت متوسط يك لاين در تركيب هيبريدهاي آن و منظور قدرت تركيب پذيري  خصوص Specific Combining Ability (SCA) ، وضعيت دو لاين در يك تلاقي بخصوصي مي‎باشد. منظور از تركيب‎پذيري متوسط Average Combining Ability (ACA) ، وضعيت متوسط يك لاين در تعداد زيادي از آميزش‎هاي ساده يا (Single Cross) مي‎باشد. بين قدرت تركيب‎پذيري عمومي و قدرت تركيب‎پذيري خصوصي و قدرت تركيب پذيري متوسط يك رابطه مستقيم وجود دارد. اگر تعداد لاينهاي والديني متفاوت افزايش يابد و به طرف بي‎نهايت سير كند در آن صورت SCA تقريبي از GSA خواهد بود. از طرف ديگر اگر تعداد لاينهاي والديني متفاوت كاهش يابد، در آنصورت بسته به ماهيت و درجه واريانس ژنتيكي مقدار SCA از GCA انحراف پيدا مي‎كند.

2ـ برآورد تركيب پذيري :

يكي از روشهاي تخمين تركيب‎پذيري استفاده از تاپ كراس Top Cross است. در اين حالت تركيب پذيري عمومي لاين مورد نظر از طريق دورگيري آن با افراد جمعيت منشاء (بجاي رگه‎هاي خالص)  تعيين مي‎شود. اين طريق دورگيري معادل دورگيري با يك دسته تصادفي رگه‎هاي خالص مشتق شده از جمعيت مبدأ در غياب انتخاب مي‎باشد. مرسومترين طرح آزمايشي براي دورگيري بين اينبردها همان طرح آميزش يا تلاقي دي آلل است كه مورد بحث و بررسي قرار خواهد گرفت.

3ـ روشهاي مختلف تلاقي دي آلل

بطوركلي دو روش عمده تجزيه ديالل وجود دارد كه بنام مبتكرين آنها معرفند:روش گريفينگ (Griffing 19561956)روش هيمن و جينكز (Hayman & Jinks 19541954)در هر دو روش مفروضاتي به شرح زير بايستي مدنظر قرار گيرد:

1 – والدين هموزيگوت باشند (اين شرط براي روش گريفينگ الزامي نيست).

2 – توارث ديپلوئيدي

3 – عدم وجود آللهاي چندگانه

4 – عدم وجود اپيستازي

5 –  عدم وجود لينكاژ

6– عدم وجود اثرات مادري سيتوپلاسمي

 7- عدم وجود اثر متقابل ژنوتيپ با محيط (اثر محيط براي كليه ژنوتيپ‎ها (والدها و نتايج) يكسان مي‎باشد.

 اطلاعاتي كه هريك از اين روشهاي تجزيه دي الل به ما مي‎دهند به شرح زير است (Singh  And Chaudhary . 1997; Sarafi  & . Ecoohard  And   Planchon . 1986   و اميري ، 1373 )    

گريفينگ 

                                             

1ـ قابليت تركيب پذيري عمومي و خصوصي

 2 ـ تعيين تقريبي نوع عمل ژن

3ـ تعيين وجود يا عدم وجود اثرات  سيتوپلاسمي

 4ـ تعيين جهت و درجه غالبيت

5ـ برآورد اجزاء واريانس ژنتيكي

  6ـ وراثت پذيري 

  7ـ هتروزيس                                          

      

   هيمن و جينكز

1ـ تعيين وجود يا عدم وجود اپيستازي

2ـ تعيين نوع عمل ژن

3  – پراكنش آللهاي غالب و مغلوب در والدين

4ـ تعيين ميانگين درجه غالبيت

5ـ تعيين غالب و مغلوب بودن صفت

6ـ وراثت پذيري

7ـ هتروزيس 

تجزيه دي آلل به روش گريفينگ

عمده‎ترين هدف اين روش تعيين تركيب پذيري عمومي و خصوصي لاينها است. گريفينگ با توجه به حضور والدين و تلاقيهاي معكوس به همراه تلاقيهاي اصلي چهار روش آزمايشي را براي تجزيه ديالل بصورت زير معرفي كرده است.

 روش اول: شامل والدين، F₁ تلاقيهاي اصلي و معكوس ( تمامي P² تركيب ممكنه)روش دوم: شامل والدها و تلاقيهاي اصلي [(P(P+1)]/2روش سوم: شامل تلاقيهاي اصلي و معكوس [(P(P-1)]روش چهارم: فقط شامل F₁ تلاقيهاي اصلي [(P(P-1)/2] تلاقيهاي معكوس، تلاقيهايي هستند كه در آنها جاي والد نر و ماده عوض مي‎شود. روش اول ديالل كامل و روش دوم و چهارم كه فاقد تلاقيهاي معكوس هستند را نيمه ديالل مي‎نامند. روش تجزيه هريك از روشهاي چهارگانه متفاوت است. روش اول زماني بكار مي‎رود كه اولاً بخواهيم اثرات مادي را مطالعه كنيم و امكان وجود وراثت سيتوپلاسمي وجود دارد و ثانياً F₁از والدين اختلاف فاحش نداشته باشند يعني ميزان هتروزيس پائين باشد. مثلاً براي برنج از اين روش استفاده مي‎شود. وقتي از عدم تأثير اثرات مادري مطمئنيم و ميزان هتروزيس نيز پائين است روش دوم مورد استفاده قرار مي‎گيرد كه اين روش مناسبترين روش گندم است. وقتي كه اثرات مادري وجود دارد و هتروزيس نيز بالاست از روش سوم بكار مي‎رود (مثلاً ذرت). روش چهارم هنگامي استفاده مي‎شود كه اثرات مادري وجود ندارد و ميزان هتروزيس نيز بالاست (باز هم در ذرت بكار مي‎رود). وقتي هدف مطالعه قابليت تركيب‎پذيري لاينهاست وارد كردن والدها در آزمايش ضرورت ندارد بنابراين از روش سوم و چهارم استفاده مي‎شود. اگر بخواهيم درجه غالبيت و يا هتروزيس را محاسبه نمائيم از روش دوم بايستي استفاده كرد. با اضافه كردن اثر بلوك در طرح بلوكهاي كامل تصادفي از نظر ثابت يا تصادفي بودن به دو فرض مذكور، چهار مدل (Model) به شرح زير وجود خواهد داشت:

مدل I: اثرات بلوك و ژنوتيپ‎هاي هر دو ثابت مي‎باشند.

مدل II: اثرات بلوك و ژنوتيپ‎ها هر دو تصادفي مي‎باشند.

مدل مخلوط A: اثر بلوك ثابت و اثرات ژنوتيپ‎ها متغييرهاي تصادفي مي‎باشند.

مدل مخلوط B: اثر ژنوتيپ ثابت و اثر بلوك متغيير تصادفي مي‎باشد.

در آزمايشات معمول اصلاح نباتات كه تكرار يك عامل تصادفي است از مدل I و مخلوط A استفاده نمي‎شود. اما اگر وسايل آزمايشگاهي مانند انكوباتور بعنوان تكرار روند تكرار مي‎تواند ثابت در نظر گرفته شود و اين مدلها نيز بكار مي‎روند. مدل مخلوط B در اصلاح نباتات بيشترين كاربرد را دارد. با احتساب چهار روش و چهار مدل شانزده سيستم دي آلل وجود دارد كه هريك روش تجزيه مخصوص بخود را دارد. در هر روش دو مرحله در تجزيه داده‎ها وجود دارد. مرحله اول شامل تجزيه واريانس براي معني‎دار بودن اختلاف ژنوتيپي بين والدين و F₁ها و مرحله دوم تجزيه قابليت تركيب پذيري، فقط هنگامي كه اختلاف معني‎دار بين والدين و F₁هاي تلاقي مستقيم و تلاقيهاي معكوس تشخيص داده شود. لازم به ذكر است كه در آزمون صفر، چهار روش آزمون F در تمامي چهار روش يكسان مي‎باشد. اما درجه آزادي‎‎ها در روشهاي مختلف تغيير خواهد كرد. در اين روش با بكارگيري يك مدل آماري مناسب واريانسهاي مربوط به قابليت توارث عمومي و خصوصي برآورد مي‎شوند كه تحت فرضيات ويژه‎اي به اجزاء ژنتيكي مثل واريانس افزايشي و غابليت تبديل مي‎شوند. گريفينگ با توجه به حضور والدين و تلاقيهاي معكوس به همراه تلاقيهاي اصلي چهار روش آزمايش براي تجزيه ديالل بصورت روشهاي يك تا چهار را كه قبلاً به آنها اشاره شد معرفي نمود. 

تجزيه دي آلل به روش هيمن و جينكز

فرضيات اين روش هم مانند فرضيات ذكر شده در حالت كلي مي‎باشند. تنها فرضي كه بايستي اضافه كرد، فرض همگن بودن واريانس والدها و واريانس هيبريدهاست. اين فرض بوسيله آزمون يا تست بارتلت آزمايش مي‎شود. در اين روش هيمن و جينكز قبل از انجام تجزيه ديالل بايد دو فرض زير را آزمون كرد. 

عدم وجود اثرات دو طرفه

اين فرض را مي‎توان بوسيله تركيب‎پذيري در روش اول و سوم گريفينگ آزمون نمود. روش ديگري نيز وجود دارد و آن استفاده از آزمون t مي‎باشد كه بوسيله آن اختلاف بين تلاقيهاي دو طرفه آزمون مي‎گردد. اما بايد توجه داشت كه با معني‎دار شدن فقط چند مورد از اثرات معكوس نمي‎توان حكم به وجود قطعي اثرات سيتوپلاسمي نمود. با معني‎دار نشدن اثرات دو جانبه، در محل مربوط به هر جفت از والدها در جدول ديالل، ميانگين حسابي دو هيبريد اصلي و معكوس نوشته مي‎شود. بدين ترتيب مجموع ستون با سطر برابر خواهد شد. وجود اپيستازي نيز باعث اشكال در تجزيه مي‎گردد، لذا بايستي عدم وجود آن نيز آزمون گردد، بطوريكه اين فرض در ابتداي مراحل تجزيه به روش هيمن و جينكز آزمون مي‎گردد  (; Sarafi  & . Ecoohard  And   Planchon . 1986   و اميري ، 1373 )در مورد اثرات سيتوپلاسمي اگر با استفاده از آزمايشات قبلي مشخص شده باشد كه اثرات دو طرفه (سيتوپلاسمي)تأثيري بر روي صفت مربوطه ندارد مي‎توان تلاقيها را بصورت يكطرفه انجام داد. در واقع از ديالل كامل (والدها، تلاقيهاي اصلي و معكوس) جهت بررسي وجود يا عدم وجود اثرات دو طرفه استفاده مي‎كنيم. از روش هيمن و جينكز به منظور تخمين ميانگين درجه غالبيت، تعيين وجود اثر متقابل غير آللي، تعيين نسبت و توزيع آللها در والدين، تعداد ژن كنترل كننده صفت و تعيين قابليت توارث صفت استفاده می شو د.  

 

تكنيك هاي تهيه و توليد كشت آگار

تكنيك هاي تهيه و توليد كشت آگار

● مقدمه
هوايي که از آن تنفس مي کنيم مملو از موجودات بسيار ريز است که با باد به حرکت درمي آيند. قارچ ها، باکتريها، ويروسها و گياهان براي انتقال گرده هاي خود به مناطق ديگر از باد کمک مي گيرند. در صورت عدم رعايت نکات بهداشتي، اين ذرات مي توانند چه در تهيه کشت خالص و چه در فرآيند توليد قارچ خوراکي خلل وارد نمايند.

به طور کلي منابع اصلي آلاينده محيط کشت عبارتند از

۱) محيط اطراف

۲) ظروف کشت

۳) ادوات و ابزار کشت

۴) پرورش دهنده و لباس وي

۵) هاگ ها يا ميسليوم قارچ خوراکي

قارچ ها و تمامي موجودات زنده نسبت به مواد غذايي، رقابت تنگاتنگ و دائمي با يکديگر دارند. هدف از ايجاد يک محيط استريل، حذف يا کاهش اين گونه رقابت و در نهايت فراهم ساختن شرايط مناسب براي تکثير قارچ خوراکي مي باشد. اولين مرحله قبل از تهيه کشت خالص، احداث اطاقک تلقيح يا آزمايشگاه استريل است.

● طراحي و احداث آزمايشگاه استريل

علت عمده شکست بيشتر پرورش دهندگان قارچ، عدم صرف وقت کافي به منظور احداث آزمايشگاه استريل است. کاري که چندان هم وقت و انرژي نمي برد، بلکه فقط يک و نيم روز کافي است تا يک انباري کوچک يا يک آبدارخانه را به يک اطاقک تلقيح مفيد تبديل نمود.

براي شروع تمام قاليچه ها، پتوها، پرده ها و ديگر مواد پارچه اي را که پناهگاه خوبي براي گرد و غبار و هاگ هاي مضر مي باشند از محل دور کرده و تمامي ديوارها و سقف را با يک ماده ضد عفوني کننده کاملاً تميز نمائيد. اطاق را با يک رنگ روغني براق يا اپوکسي بهداشتي رنگ زده تا شستشو هاي بعدي راحت تر گردد. پنجره ها يا هر منبع ورودي هوا را با يک پوشش پلاستيکي مناسب بپوشانيد. محل ورودي اطاق را با پلاستيک يا هر ماده ديگر بصورت يک محفظه انتظار درآورده تا مانع جريان مستقيم هوا بدرون اطاق گردد و طراحي اين محفظه بايد به گونه اي باشد که هنگام ورود به آن؛ درب آزمايشگاه بسته باشد.

تجهيزات ذيل در هر آزمايشگاه ضروري است:

۱) صندلي و ميز محکم با سطح کاملاً صاف

۲) چراغ الکلي، چراغ بنسن يا يک شعله معمولي گاز بوتان براي توليد حرارت

۳)بطري اسپري حاوي محلول سفيد کننده ۱۰ درصد

۴) تعدادي پتري ديش استريل و لوله آزمايش

۵) تعدادي برچسب ، يک دفتر و خودکار

۶) يک چاقوي آگار و حلقه تلقيح

۷) يک دستگاه اتوکلاو يا زودپز معمولي (بخار تحت فشار)

۸) pH سنج يا کاغذ تورنسل معمولي

۹) الکل ۹۶ درصد و ديگر مواد ضد عفوني همچون وايتکس، فرمالين…

۱۰) قفسه براي ظروف کشت، جالوله اي و…

تمامي اين اجزاء بايستي درون آزمايشگاه بماند و در صورت خروج يکي از آنها به بيرون، هنگام برگشت آن به داخل آزمايشگاه بايد از تميز بودن آن، مطمئن شد.

به طور کلي براي طراحي يک آزمايشگاه بايد علاوه بر تجهيزات و وسايل گفته شده اصول زير نيز درنظر گرفته شود.

اطاق تهيه محيط کشت که داراي تجهيزات کامل و قفسه هاي متعدد است (۳۵ درصد مساحت کل)

اطاقک شيشه اي استريل (محفظه تلقيح)(۱۵ درصد مساحت کل)

اتاق کشت (۴۰ درصد مساحت کل) الباقي مساحت براي نگهداري وسايل، اتوکلاو، ترازوها، يخچال و انبار ميسليوم و اسپان مادري (حدوداً ۱۰ درصد)

با روش ساده اي مي توان آزمايشگاه يا محيطي نيمه استريل بسته به حجم استفاده و دفعات کاري ايجاد نمود. درصد پاکي لازم براي اطاق استريل تابع مقدار هاگ محيط بيرون است. به عنوان مثال، در فصل زمستان با سرد شدن هوا، مقدار هاگ و آلاينده هاي هوا تا حد زيادي کاهش يافته، حال آن که در طول تابستان و بهار اين مقدار بسيار زياد مي باشد. بنابراين لازم است در طي اين دو فصل توجه کافي به استريل بودن محيط آزمايشگاه مبذول گردد. نکته مهم ديگر اين که، تمامي ظروف و بطري هاي شيشه اي آلوده را بايد به طريقي از بين برد تا ضريب آلودگي محيط آزمايشگاه به حداقل برسد.بعد از احداث اطاق استريل بايد يک سري اصول و نکات بهداشتي را کاملاً رعايت نمود. به اين صورت که اطاق استريل را بايد با يک محلول سفيدکننده (آب ژاول) کاملاً تميز نمود؛ کف را طي کشيده و در پايان هواي اطاق را با يک محلول سفيد کننده ۱۰ درصد و با استفاده از يک سمپاشي پشتي يا اسپري ضدعفوني نمائيم. حداقل تا ۱۵ دقيقه بعد از محلول پاشي نبايد وارد اطاق شد. در هر مرحله از تلقيح و کشت اين عمليات بايد تکرار شود، چرا که همواره پيشگيري آسانتر و بهتر از درمان است.

پيش از ادامه بحث، ذکر چند نکته ضروري است. استريل نمودن و استريل نگاه داشتن محيط مستلزم توجه زياد همراه با کمک و ياري مداوم ديگران است. اين امر وقت گير بوده و نبايد سرسري و مقطعي انجام گيرد. هرگز يک چراغ الکلي يا شعله گاز را درون اطاق يا محفظه تلقيح روشن نگذاريد، چرا که در يک محيط بسته اکسيژن هوا به زودي تمام مي شود.

بعضي از پرورش دهندگان، بيش از نياز لازم بهداشتي با آلودگي مقابله مي نمايند. بدين ترتيب اين افراد آزمايشگاه و در نهايت سلامتي خود را با مصرف وسواسي و افراطي قارچ کشها، باکتري کشها و ضدعفوني کننده هاي شيميائي جهش زاي خطرناک به خطر مي اندازند. به طور مثال مي توان به عوارضي همچون تنگي نفس، بي حسي هاي شديد همراه با تشنج هاي مداوم که گاه تا چندين روز نيز به درازا مي انجامد که بر اثر کار طولاني مدت افراد، بلافاصله در اطاق هائي که مدت چنداني (کمتر از ۱۵ دقيقه) از سمپاشي آنها بالاخص با سموم فنلي نگذشته اشاره کرد و يا از بين موارد متعدد ديگر، ابتلاء به سرطان پوست بواسطه تماس طولاني (چند سال) و مستقيم پوست (بدون پوشش ايمني) با اشعه ماوراي بنفش (uv) در حين استريل کردن نمونه ها داخل محفظه شيشه اي درون اطاق تلقيح اشاره نمود.

چنانچه عليرغم تلاش فراوان در جهت استريل نمودن محيط آلودگي باز هم در محيط باقي بماند در آن صورت مي توان از راه کارهاي ذيل استفاده نمود.

۱) بخوردادن روغن استريل کننده مانند تري اتيلن گلايکول با گرم کن فتيله اي در فضاي اطاق که ابري از قطرات بسيار ريز و نسبتاً سنگين در هوا ايجاد شده که ضمن پائين آمدن ذرات آلاينده معلق در هوا را جذب کرده و از بين مي برند. ذرات اين روغن نسبتاً ريز و فرار بوده و هيچ گونه لايه قابل مشاهده اي در فضا ايجاد نمي نمايد. اين روش ارزان و آسان مي باشد.

۲) احداث نوعي محفظه شيشه اي کاملاً مسدود و نيمه استريل براي نقل و انتقال و کارهاي کشت بافت که مي توان آنها را از چوب و پنجره اي کوچک براي نگاه کردن درون آن ساخت که در يک طرف آن دو سوراخ لاستيکي مخصوص تعبيه مي نمايند تا هنگام کار، فرد بتواند دستان خود را داخل محفظه کرده و در صورت عدم استفاده، ورودي سوراخ ها با لفافه اي پوشيده مي شود. مزيت عمده اين محفظه ارزان، بودن استريل کردن آسان محيط داخل آن و عدم جريان مستقيم هوا به درون آن در ضمن کار مي باشد.

۳) استفاده از صافي هاي بسيار ريز که قطر چشمه هاي آن ۳/۰-۱/۰ ميکرون بوده و از قطر هاگهاي مضر بعضي قارچ ها و حتي از باکتري ها نيز کوچکتر است. از اين صافي ها در سامانه هاي مخصوصي بنام هود تهويه ملايم استفاده مي نمايند. در برخي از آزمايشگاه هاي پيشرفته تمام استريل، درون ديوارها يا سقف نيز از اين نوع صافي ها استفاده شده و هواي ورودي اطاق با عبور از ميان آنها تصفيه مي شود.

براي کسب اطلاعات بيشتر به ضميمه چهارم مراجعه شود

آلودگي، ممکن است در يک محل کم و در جاي ديگر زياد باشد و يا در يک مرحله از پرورش طغيان نمايد يا اين که علي رغم چند سال فعاليت، اثري از آن ديده نشود. از طرفي بايد توجه داشت که نوع آلودگي، در مراحل و مکان هاي مختلف يکسان است، اما شدت و ضعف آن بسته به يک سري عوامل مختلف داخلي يا محيطي متفاوت است که با اعمال يک سري تمهيدات و اصول بهداشتي تا حدي مي توان آن را کنترل نمود.

● ميزان هاگ آلاينده درون آزمايشگاه

▪ آماده کردن محيط کشت

پس از تکميل آزمايشگاه نوبت به تهيه محيط کشت مغذي آگار مي رسد. آگار، محصولي است که از نوعي جلبک دريايي بدست آمده و براي سفت کردن محيط کشت بکار مي رود و از نظر ظاهري بسيار شبيه ژلاتين است اما از نظر کارکرد، به مراتب از آن سودمندتر است. در زمينه توليد محيط کشت آگار غني شده که مناسب قارچ هاي خوراکي باشد، فرمول هاي متعددي وجود دارد که از اين ميان مي توان به فرمول هاي استاندارد PDA وMEA همراه با مکمل خميرمايه اشاره نمود. در بسياري از مجلات قارچ شناسي، فهرستي از انواع محيط هاي کشت آگار حاوي پپتن و نئوپپتن (دو منبع سرشار از پروتئين مورد نياز ميسليوم) ارائه شده است. محيط کشتي که مؤلفان توصيه مي نمايند، مخلوطي از دانه هاي جوشانده شده گندم يا چاودار غني شده با شيره مالت است. براي افزايش رشد مي توان به محيط کشت زايلوز و ۱- آرابينوز (از قندهاي پنج کربنه پنتوزي متبلور) اضافه کرد. از جمله مواد لازم ديگر براي محيط کشت مي توان کلسيم، بيوتين، تيامين، اسيدهاي آمينه اسپاراژين، آلانين و گلايزين را نام برد.

آنچه در ادامه مي بينيد سه نوع فرمول مغذي آگار است که هر کدام از آنها براي رشد ميسليومهاي انواع مختلف قارچ خوراکي همچون دکمه اي، صدفي، شي تاکه، استروفاريا، چيني، پانالوس و سيلوسب استفاده مي شود که از بين آنها؛ ۲ محيط PDY و MPG مورد توجه مؤلفان اين کتاب مي باشند. توصيه مي شود براي افزايش رشد ميسليوم ها به هر محيط، مقداري پودر چاودار و يا عصاره آن افزوده شود. بعد از انتخاب هر يک از فرمول هاي زير ترکيبات آن را بصورت خشک با هم مخلوط کرده، درون يک فلاسک ريخته و درنهايت با افزودن آب، حجم مخلوط را به يک ليتر برسانيد.

الف) آگار PDY (مخمر دکستروز سيب زميني)

ـ عصاره صاف شده ۳۰۰ گرم خلال سيب زميني که در يک ليتر آب تا يک ساعت جوشيده باشد.

ـ ۱۰ گرم قند (گلوکز راست گرد) (قند دکستروز)

ـ ۲ گرم مخمر (اختياري)

- ۲۰ گرم آگار

ب) آگار MPG (مخلوط بذرـ پپتين ـ مالت)

ـ ۲۰ گرم مالت عسلي رنگ

ـ ۵ گرم پودر بذر چاودار

ـ ۵ گرم پپتين يا نئوپپتن

ـ ۲ گرم مخمر (اختياري)

ـ ۲۰ گرم آگار

ج) آگار MEA (آگار عصاره مالت)

ـ ۲۰ گرم مالت عسلي رنگ

ـ ۲ گرم مخمر

ـ ۲۰ گرم آگار

● در تهيه محيط کشت، رعايت نکات زير ضروري است

۱) pH محيط کشت: گونه هاي متفاوت قارچ براي رشد و نمو در محيط کشت، pH خاص خود را مي طلبند. بطوري که pH مطلوب براي گونه هاي سيلوب ۷-۶ مي باشد؛ در حالي که اين مقدار براي نوع دکمه اي ۷-۵/۶ مي باشد. اکثر گونه ها، نسبتاً مقاوم بوده و بخوبي در دامنه ۵/۷ –۵/۵ رشد مي نمايند. pH کمتر از ۵/۴ و بالاتر از ۷ باعث توقف رشد و نمو (هاگ ها و ميسليومها) مي گردد و چنانچه pH محيط خيلي پائين باشد. محيط کشت رقيق مي شود و بايد محيط تازه با pH مطلوب آماده شود. pH ، بعد از اتوکلاو کردن تا ۴/۰ واحد کاهش مي يابد.

چنانچه در حين تهيه محيط کشت، pH خيلي پائين يا بالا رود، مي توان بترتيب آن را با Naoh يا Hcl (۱ تا ۱/۰ مولار) رقيق، تعديل کرده سپس محيط کشت را کاملاً هم زده و سپس pH آن را با يک pH سنج يا کاغذ تورنسل معمولي مي سنجيم ( pH يک مول Hcl ، صفر؛ يک مول Naoh =۱۲ و يک مول آب مقطر= ۷ است).

۲)ضدعفوني محيط کشت: اين کار معمولاً به دو روش صورت مي گيرد.

الف) با مواد شيميائي: مانند الکل ۷۰درصد؛ هيپوکلريت سديم (وايتکس) ۱درصد و بالاخص آنتي بيوتيکها. در هر صورت ساده ترين راه، استفاده از مواد گياهي غير آلوده است. جهت کنترل باکتريها در محيط کشت، ۱/۰ گرم از محلول سولفات جنتامايسين ۸۰-۶۰درصد را قبل از عمل اتوکلاو کردن بايد به هر ليتر از اين محيط ها اضافه نمود. همچنين مي توان از نوع ديگر آنتي بيوتيک بنام استرپتومايسين بعد از استريل کردن محيط کشت استفاده کرد. در مجموع بايد از آنتي بيوتيکها بصورت موقتي و به مقدار بسيار اندک بهره جست چون غلظت بالاي آنها، مانع رشد و نمو بعضي گونه ها و از طرف ديگر ايجاد مقاومت در باکتريها مي شود.

ب) با بخار: بعد از اختلاط کامل ترکيبات محيط کشت و در صورت باقي ماندن اثرات باکتري بعد از ضدعفونيِ شيميائي (آنتي بيوتيکها) مي توان براي رفع هر گونه آلودگي با بخار تحت فشار، محيط کشت را استريل و يا به اصطلاح اتوکلاو نمود. استريل کردن صحيح، بستگي به زمان، فشار، درجه حرارت و حجم ماده مورد استريل دارد. در شرايط عادي مي توان محيط کشت آماده را داخل ارلن پيرکس (به علت دهانه تنگ آن ميزان تهويه، خشک شدن و ضريب آلودگي کاهش مي يابد) ريخته درب آن را با يک فويل آلومينيومي پوشاند. دقت کنيد که حجم آگار درون ارلن نبايد از تا حجم کل ظرف بيشتر شود.

ظرف کشت را داخل اتوکلاو يا زودپز معمولي قرار داده و ته زود پز را يک سانتي متر آب مقطر بريزيد تا بخار لازم تأمين شود. طبق دستورالعمل شرکت سازنده، درب زودپز را کاملاً بسته آن را حرارت دهيد تا بخار فراوان توليد نمايد. قبل از بستن سوپاپ اطمينان بخار، بگذاريد تا بخار آن به مدت ۴ تا ۵ دقيقه خارج شود. به آرامي فشار را به ۱۵ پوند رسانده و ۳۰ دقيقه در همين فشار نگهداريد. توجه کنيد دماي ظرف از ۱۲۱ درجه سانتي گراد فراتر نرود، چه در غير اين صورت قند موجود در محيط کشت، سوخته و به اصطلاح کارامل مي شود که در نتيجه آن؛ رشد ميسليوم متوقف شده، يکسري جهش هاي ناخواسته ژنتيکي پديدار مي شود. از طرفي اتوکلاو کردن بيش از ۳۰ دقيقه باعث ته نشين شدن املاح مفيد (بخصوص k+ ) و تجزيه آگار مي شود. هم چنين بايد ظروف خالي شيشه اي و کاغذها را بطور جداگانه به مدت ۳۰ دقيقه در دماي ۱۳۰ سانتي گراد (بصورت خشک) استريل نمود.

نکته حائز اهميت ديگر در مورد اتوکلاو کردن، اين که زمان لازم براي اين عمل بسته به ارتفاع از سطح دريا، متفاوت است. طبق قانون بويل ـ ماريوت؛ در حجم ثابت، دما و فشار رابطه مستقيمي با يکديگر دارند. فشار هوا را معمولاً نسبت به سطح استاندارد دريا محاسبه نموده و هر چه از سطح دريا بالاتر مي رويم فشار هوا کمتر مي شود. لذا در ارتفاعات بالاتر، متناسب با مقدار ارتفاع از سطح دريا، بايد فشار اتوکلاو يا زودپز را افزايش دهيم تا خللي در عمل استريليزاسيون وارد نشود. ذيلاً نسبت هاي بين پارامترهاي دما، فشار هوا، و تغييرات نقطه جوش آب در ارتفاعات مختلف را در جدول ذيل مي بينيد. بعنوان مثال در ارتفاع حدوداً ۱۵۰۰ متري از سطح دريا، نقطه جوش آب نسبت به سطح دريا تقريباً ۵/۴ -۵ درجه سانتي گراد کاهش مي يابد (C&#۷۳۰;۹۵) و از طرفي در اين ارتفاع؛ فشار هوا ۵ پوند يا تقريباً ۴/۰ اتمسفر نسبت به سطح دريا افزايش مي يابد (۴/۱ اتمسفر) در نتيجه با توجه با اين که نبايد دماي داخل اتوکلاو را (به سبب بروز تغييرات شيميائي مواد داخل آن) افزايش دهيم، بناچار مجبوريم، فشار را به ميزان ۴/۰ آتمسفر (۵ پوند) بالا ببريم تا جبران ۵ اختلاف دما را در اين ارتفاع با توجه به حجم ثابت مواد درون اتوکلاو بنمايد.توجه کنيد استريليزاسيون در فشار ۰۵/۱ kg/cm۲ به مدت يک ساعت داراي نتايج مشابهي با استريليزاسيون در فشار kg/cm۲۲ به مدت ۳۰ دقيقه (يعني دوبرابر کردن فشار و نصف کردن مدت زمان) دارد؛ منتها مسأله مهم در اين جا اين است که اکثر زودپزها تحمل اين فشار را ندارند که بايد حتماً قبل از استفاده به برچسب کنترل کيفي روي هر زودپز توجه شود.

بعد از اتمام استريل کردن؛ زودپز را در آزمايشگاه يا يک اطاق نيمه استريل قرار داده، اجازه دهيد تا قبل از باز کردن درب آن، فشار به يک پوند (۰۷/۰kg/cm۲) کاهش يابد. سپس درب آن را باز نمائيد و اقدام به ريختن آگار در پتري ديش ها نمائيد. بايد دانست با هر ليتر از محلول آگار بدست آمده مي توان ۳۰ پتري ديش ۱۵×۱۰۰ ميلي متر را پر نمود. چنانچه با محدوديت فضاي ميزکار مواجه هستيد، مي توانيد پتري ديش ها را پس از پر نمودن يک به يک روي هم بگذاريد اما در غير اين صورت مي توانيد هر يک از پتري ديش ها را در کنار هم قرار دهيد و دامنه کار خود را توسعه دهيد

پيش از پر نمودن پتري ديش ها، محلول کشت را به شدت تکان دهيد تا محتويات آن خوب پخش شده مخلوطي همگن بدست آيد. سپس بگذاريد تا آگار خنک شده و يکنواخت گردد و سپس اقدام به پر نمودن پتري ديش ها نمائيد تا بدين وسيله از تعريق جدار داخلي ظروف که از ريختن محلول آگار گرم ناشي مي شود، جلوگيري شود.

حال، اين محلول آماده کشت هاگ يا بافت زنده مي باشد که در ادامه روش آنرا خواهيم ديد.

● کشت هاگ

کشت خالص به منظور تهيه اسپان مورد نياز براي تکثير قارچ خوراکي را به دو روش مي توان تهيه نمود. کشت هاگ، که به نوعي مي توان آن را تکثير ج__ن__س__ی ناميد و داراي تفريق صفات و تنوع بالاي نتاج حاصله از نظر کيفيت و کميت محصول مي باشد. از اين روش بيشتر براي تهيه بذر قارچ استفاده مي شود. روش دوم کشت بافت زنده يا به اصطلاح تکثير غير ج__ن__س__ی و يا کلونينگ مي باشد. اين روش به علت شباهت بالاي نتاج توليدي با والدين؛ بيشتر در تکثير قارچ هائي که از نظر کيفيت و کميت محصول در حد مطلوبي هستند استفاده مي شود.

پرورش دهندگان قارچ، کشت هاگ را بدليل راحتي اجرا و ماندگاري بالاي هاگ ها حتي تا ماهها بعد از تجزيه کلاهکها ترجيح مي دهند. اما ماندگاري کلاهکها يا بافت زنده بسيار کم است (۱ تا ۲ روز) و بايد بلافاصله بعد از چيدن بافت، اقدام به کشت نمود.

● گرفتن نقش هاگ

مرحله اول در کشت هاگ؛ جمع آوري مقداري هاگ (نقش اسپور) از قارچ هاي سالم و مناسب مي باشد. بدين منظور کلاهک سالم، تازه و کاملاً تميزي را از ساقه جدا نموده و بطور واژگون روي يک کاغذ سفيد يا سطح شيشه اي تميز (اسلايد ميکروسکوپ) يک تا دو ساعت مي گذاريم. چنان چه کلاهک موردنظر خشک باشد، جهت رهاسازي آسانتر هاگ يکي دو قطره آب مقطر به آن زده و براي جلوگيري از کاهش تبخير و جريان هواي مستقيم، يک بشر بر روي آن مي گذاريم. پس از چند ساعت که هاگ ها، کاملاً رها شد و نقش تيغه ها روي کاغذ افتاد؛ کاغذ هاگ ها را بريده از وسط تا مي زنيم و دريک ظرف کاملاً در بسته گذاشته وروي آن را بر چسبي حاوي زمان جمع آوري؛ گونه قارچ و شماره جمع آوري مي زنيم. در صورت جمع آوري هاگ ها روي لامل ميکروسکوپ، کافيست هاگ ها را ما بين دو لامل قرار داده دور تا دور لبه اين دو لامل را با نوار چسب بچسبانيم تا از نفوذ هاگ هاي آلاينده، ايمن شود. در صورتي که در جمع آوري و نگهداري هاگ ها دقت کافي نشود، محيط کشت هاگ آلوده شده و امکان به دست آوردن يک کشت خالص کاهش مي يابد.

منابع :
----------------------
aftab.ir
پارس بیولوژی
راسخون ( www.rasekhoon.net )

----------------------
کلمات کلیدی :
----------------------
کشت آگار-تهیه و تولید کشت آگار- آماده کردن محیط کشت آگار-ضدعفونی محیط کشت-کشت هاگ-احداث آزمایشگاه استریل-
----------------------

پروتئومیک یا پروتئومیکس:

پروتئومیکس دانش بررسی ساختار و عملکرد پروتئین ها در مقیاس بزرگ است. این واژه را به قیاس ژنومیک (به معنی دانش بررسی ژن ها) ساخته اند.

با تکمیل پروژه ژنوم انسان مشخص شد که مکانیسم مولکولی رفتار سلولها در شرایط مختلف را نمیتوان از روی توالی ژنهای آنها پیشگویی کرد. رفتار سلولی و تمام فعالیتهایی که در سلول انجام می شود بر عهده پروتئین ها است. در واقع برای ارتباط ژنوم با رفتار سلولها باید پروتئینهای سلولها را شناخت. به کلیه پروتئینهایی که در یک سلول در یک زمان مشخص بیان می شود، پروتئوم آن سلول گفته می شود و این پروتئوم است که فاصله بین ژنوم و مکانیسم مولکولی رفتار سلولی را پر می کند. برخلاف ژنوم، برای هر اورگانیسم نمیتوان یک پروتئوم واحد تعریف کرد. پروتئوم سلولهای مختلف با یکدیگر متفاوت اند. یعنی سلولها علاوه بر پروتئینهای ضروری که در همه انواع سلولها بیان می شوند، دارای یکسری پروتئینهای اختصاصی نیز هستند. از این رو بهتر است پروتئوم را برای هریک از انواع سلولها تعریف نمود. با این حال پروتئوم یک نوع سلول نیز همیشه ثابت نیست. سلول در برابر شرایط مختلف محیطی و پیامهایی که از سلولهای اطراف دریافت می کند، پروتئینهای مختلفی را بیان می کند. بعبارت دیگر هر سلول تحت شرایط مختلف پروتئومهای متفاوتی دارد. بنابر این برای شناسایی مکانیسمهای مولکولی رفتار سلولی و واکنشهای زیستی، لازم است پروتئینهایی که در یک سلول بیان می شود، تغییرات آنها در شرایط مختلف، عملکرد آنها و همچنین برهمکنشهای بین پروتئینهای مختلف در یک سلول، بررسی شود. به مجموعه این بررسیها، نقشه برداری پروتئوم یا پروتئومیک، گفته می شود.

نقشه برداری پروتئوم :

مطالعه پروتئوم به سادگی مطالعه ژنوم نیست. زیرا پروتئینها را نمیتوان(همانند DNA) به روشی مشابه PCR، تکثیر کرد. همچنین توالیهای پلیپپتیدی نمیتوانند به توالیهای اسید آمینه ای مکمل خود متصل شوند. بنابر این برای مطالعه پروتئوم باید از ابزار و روشهای ویژه ای استفاده کرد. در پروتئومیک نه تنها کلیه پروتئینهایی که در یک سلول دریک شرایط مشخص بیان می شوند، مورد بررسی قرار میگیرند، بلکه عملکرد و رفتار پروتئینها، برهمکنشهای بین پروتئینهای مختلف، آرایشهایی که پس از ترجمه بر روی پروتئینها ایجاد می شود و نیمه عمر آنها در سلول نیز مورد بررسی قرار میگیرد. در واقع پروتئومیک از سه بخش تشکیل شده است :

مشخص کردن کلیه پروتئینهایی که در سلول بیان می شود :در این بخش، کلیه پروتئینهایی که در سلول تحت یک شرایط معین (مانند، حالت استراحت، رشد، تمایز، بیماری، تأثیر دارو و...) مشخص می شود. به این ترتیب می توان پروتئینهایی که در شرایط مختلف بیان می شوند یا میزان بیان آنها تغییر می کند را شناسایی کرد و به عملکرد آنها پی برد. شناسایی این پروتئینها در تشخیص بیماری و بررسی روند پیشرفت یا بهبودی آنها و همچنین شناسایی داروهای جدید، مفید می  باشد.

نقشه برداری برهمکنشهای بین پروتئینی : پروتئینها در سلول بصورت منفرد عمل نمیکنند واغلب تأثیر خود را با همکاری پروتئینهای دیگر و برهمکنش با آنها اعمال می کنند. نمونه بارز برهمکنشهای پروتئینی، در مسیرهای انقال پیام و مسیرهای بیوسنتزی مشاهده می شود. با شناسایی این برهمکنشها، بطور کارآمدتری می توان عملکرد و رفتار پروتئینها را مشخص کرد.

نقشه برداری آرایشهای پروتئینی : اغلب پروتئینها پس از ترجمه متحمل آرایشهای مختلفی مانند، گلیکوزیله شدن، متیله شدن،استیله شدن، فسفریله شدن و... می شوند.این آریشها بر فعالیت و عملکرد پروتئینها، همچنین ساختار فضایی، پایداری و نیمه عمر آنها تأثیر می  گذارد. بسیاری از داروها گروههای الکتروفیلی دارند که از طریق آنها به پروتئین هدف متصل شده و اثر خود را اعمال می کنند.شناسایی این آرایشها، تأثیر آنها بر عمکرد پروتئینها و شرایطی که منجر به این آرایشها می شود، به شناسایی رفتار و عملکرد پروتئینها کمک می کند.

+ نوشته شده در  پنجشنبه بیست و نهم مرداد 1388ساعت 11:42  توسط هادي  |  نظر بدهید

---

نشانگرهای مولکولی

بسیاری از محدودیتهای روشهای مختلف اصلاح نباتات ریشه در فقدان ابزارهای مناسب برای مطالعات ژنتیکی دارد .وجود ماهیت کمی صفات اقتصادی در محصولات کشاورزی موجب شد که محیط بسیاری ارز براوردهای ارزشهای اصلاحی را تحت تاًثیر قرار دهد و لذا استفاده از ابزارهائی که حداقل تاثیر پذیری را از محیط دارند گام مؤثری در افزایش پیشرفتهای ژنتیکی مورد استفاده می باشد. مارکرهای مولکولی و اخیر نشانگرهای DNA ابزار مناسبی هستند که بر اساس آن می توان جایگاه ژنی وکروموزمی ژنهای تعیین کننده صفات مطلوب را شناسائی کرد. با دانستن جایگاه یک ژن روی کروموزم می توان از نشانگرهای مجاور آن برای تائید وجود صفت در نسلهای تحت گزینش استفاده نمود.

با در دست داشتن تعداد زیادتر نشانگر می توان نقشه های ژنتیکی کاملتری را تهیه نمود که پوشش کاملی را در تمام کروموزمهای گیاهان به وجود می آورد.استفاده از نشانگرها موجب افزایش اطلاعات مفید و مناسب از جنبه های پایه وکاربردی اصلاح نباتات خواهد گردید .

انتخاب به کمک نشانگرهای مولکولی راه حلی است که دست آورد زیست شناسان مولکولی برای متخصصان اصلاح نباتات می باشد در این روش ژن مورد نظر بر اساس پیوستگی که با یک نشانگر ژنتیکی تشخیص داده و انتخاب می شود و بنابراین به عنوان قدم اول در روش انتخاب به کمک نشانگر باید نشانگرهای پیوسته با ژنهای مورد نظر شناسائی شود. یافتن نشانگرهائی که فاصله آنها از ژن مطلوب کمتر از cm10می‌باشد به طور تجربی نشان داده شده که در این صورت دقت انتخاب 99/75 درصد خواهد بود لذا داشتن نقشه های ژنتیک اشباع که به طور متوسط دارای حداقل یک نشانگر به ازای کمتر از cm10 فاصله روی کروموزمها باشد از ضروریات امر می باشد.

یکی از پایه های اساسی اصلاح نباتات دسترسی وآگاهی از میزان تنوع در مراحل مختلف پروژه های اصلاحی است . به همین جهت نشانگرهای برآورد مناسبی از فواصل ژنتیکی بین واریته های مختلف را نشان می دهند.

 

آشنایی با نرم افزار بلاست BLAST

در بیو انفورماتیک ، BLAST یا ابزار پایه‌ای برای جستجوی تطبیق‌های موضعی یک لگاریتم کاربردی برای مقایسه اطلاعات یا ( سکانس ) بیولوژیک می باشد . با این نرم افزار می توان سکانس اسید های آمینه در پروتئین ها یا نوکلئوتید ها را در DNA را با هم مقایسه کرد . این نرم افزار به پژوهشگر اجازه می دهد تا یک سکانس را با سکانس مرجع یا سکانسی که در data base وجود دارد ، مقایسه کرد . شناسایی سکانس های موجود در data base که بیشترین شباهت را با سکانس مورد نظر دارد از دیگر قابلیت های این نرم افزار است . بر حسب نوع سکانس انواع مختلفی از بلاست امکان پذیر است . مثلا اگر یک ژن ناشناخته در موش که قبلا اطلاعاتی از آن در اختیار نبوده ، باید بررسی شود ، یک محقق ترجیح می دهد این سکانس را با ژنوم انسان بلاست کند. این نرم افزار در NIH ( موسسه ملی بهداشت آمریکا) طراحی شد . بلاست یکی از برکاربردترین نرم افزارها در بیوانفورماتیک است که با سرعت مطلوب مقایسه مورد نظر را انجام می دهد . سرعت زمانی اهمیت خود را نشان می دهد که با ژنوم کامل روبرو باشیم . پیش از طراحی این نرم افزار مقایسه سکانس ها بسیار وقت گیر بود . برخی از اطلاعاتی که با استفاده از نرم افزار بلاست بدست می آید عبارتند از

۱- کدام گونه ها ی بکتریایی دارای پروتئین خاصی هستند که با یک پروتین که سکانس آن مشخص است ، شباهت دارد

۲- یک سکانس خاص DNA از کجا منشا گرفته است .

۳- چه ژنهایی یک موتیف یا ساختار ویژه را دارند .

در سایت NCBI بخشی برای این نرم افزار و نیز اموزش کار با آن قرار دارد .

لینک نرم افزار بلاست

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

لینک آموزش استفاده از نرم افزار بلاست

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/tut1.html